이 연구는 2005년부터 공공보건기관에서 시행중인 한의약건강증진Hub보건소사업 의 효율성을 자료포락분석을 이용하여 평가하였으며, 각 한의약건강증진Hub보건소간 효율성 차이의 원인을 밝히고자 하였다. 또한 그 동안 자료포락분석을 이용한 연구에서 한계점으로 지적되어 온 질적 측면을 고려하지 못한 문제를 극복하기 위하여 고객만족비율을 분석모형에 포함시켜 그 적용가능성을 검토하였다. 이 연구에서는 자료포락분석을 위한 투입변수로 Hub보건소 한의약건강증진사업 총예산과 행정안전부 합동평가지표에서 사용된 인력의 적절성 합계점수를 사용하였고 산출변수로는 총 참여주민 수, 한방진료실 총 내원환자 수, 한의약공공보건사업 만족/매우 만족 비율을 사용하였다. 연구결과 분석모형에 포함된 51개 보건소 중 CCR모형에서는 9개의 보건소가 BCC모형에서는 15개의 보건소가 효율적인 보건소로 나타났으며, BCC모형에 의한 기술적 순효율성 결과가 더 높게 나타나 규모의 비효율성이 존재하는 것으로 나타났다. 그리고 시, 군 간의 효율성 차이는 통계적으로 유의하지 않았다. 보건소간 효율성 차이의 원인을 밝히고자 Tobit회귀분석을 실시하였고, 그 결과 통계적으로 유의하고 실제적으로 설명력 있는 효율성의 결정요인이 나타나지는 않았다. 그리고 백분율형태의 질적지표인 고객만족비율을 자료포락분석모형에 포함시켜서 분석한 결과 질적지표를 포함시키기 전보다 효율성지수가 상향평준화되었으며 BCC모형이 CCR모형보다는 백분율형태의 질적지표를 포함시키는 분석모형에서는 더 적합한 방법인 것으로 나타났다.