우리나라의 건강보험제도는 비교적 단기간에 농어촌 및 도시의 자영업자를 포함하는 전 국민 단일보험 제도를 갖추었으나 보험료 부과대상이 되는 소득에 대한 명확한 파악이 어려워 현재까지도 직장가입자와 지역가입자에 대한 이원적인 부과체계를 운영하고 있다. 이러한 이원적 부과체계로 인한 보험료 부담의 비형평성에 대한 불만은 직장가입자와 지역가입자 모두에게 건강보험의 장기적 발전을 위한 제도의 수용성에 걸림돌이 되고 있다. 그러나 기존의 보험료 부과체계 개선에 대한 연구는 가입자 간 부담능력을 다각적이고 객관적으로 측정하는 데 한계를 보이고 있다. 이에 본 연구는 한국노동패널 11차년도 자료를 활용하여, 보험료 부담능력을 소득, 소비지출, 저축, 자산 및 부채로 다각화하여 가입자 간 부담능력의 실제를 비교하였다. 또한 가구가납부하는 건강보험료 정보를 바탕으로 현행 보험료 부담 대비 부담능력 수준을 비교하였다. 현행 가입자간 부담능력과 보험료 지출의 형평성 수준을 카크와니 지수를 통해 종합적으로 분석하였으며, 이러한 결과를 바탕으로 향후 종합소득을 중심으로 하는 단일화된 보험료 부과체계에 대한 정책 개선방안을 제언하였다.