지역통합건강증진사업은 2013년 시작 시점부터 많은 우려의 목소리가 있었지만 계속 추진되고 있다. 여전히 문제점으로 지적되는 것은 통합의 대상과 목적이 분명하지 않고, 13개 사업 분야 중 8개를 필수사업으로 지정한 것이 자율적 사업 선택에 장애 요인이 되고 있다는 점이다. 지역통합건강증진사업의 발전을 위해 앞으로 개선해야 할 사항은 다음과 같다. 첫째, 각 사업 간 통합을 총괄, 조정하는 조직체가 필요하다. 둘째, 전문 인력이 충원되고 교육과정이 개선되어야 한다. 셋째, 완전한 건강증진 포괄보조금 제도로 발전되어야 한다. 넷째, 연계와 통합이 가능한 사업 분야별로 통합성과지표를 개발해야 한다. 다섯째, 민간 부문의 참여를 적극적으로 유도해야 한다.