본 연구는 입원환자별 원가분석을 실시하고, 이를 근거로 포괄수가제의 개선방향을 제시하기 위한 것이다. 일개 종합병원을 대상으로 분석한 바에 따르면, 2010년 건강보험환자의 급여행위에 대한 보상은 88.0%수준이었다. 이러한 보상수준은 환자의 특성에 따라서 다소 차이를 보였는데, ‘연령’이 증가할수록 급여진료비의 보상수준이 높아지는 경향을 보였으며, ‘성별’이 여성인 경우가 남성에 비해서 보상수준이 높았다. ‘내원일수’가 짧을수록, ‘질병군’과 ‘중증도’의 분류가 심각한 경우에 보상수준이 높았다. 이와 같은 환자의 특성에 따른 보상수준의 차이로 인해 포괄수가제도의 수용성이 낮아질 우려가 있다. 의료공급자들이 급여진료비의 낮은 보상수준을 근거로 경영의 어려움을 토로하고 있는 가운데, 정부의 포괄수가 정책은 앞으로 더욱 난항을 겪을 것으로 예상된다. 또한 ‘급여진료비의 보상수준’에 영향을 미치는 요인에 대한 실증분석에 따르면, 내원일수, 검사료의 비중, 의사인건비의 비중이 보상수준을 결정하는 주요한 요인으로 작용하고 있었다. 특히, 보상수준의 향상에 있어서 ‘검사료의 비중’은 매우 긍정적인 영향을, ‘의사인건비의 비중’은 매우 부정적인 영향을 미치는 것으로 확인되었다. 이는 외과계와 내과계에 직접적으로 영향을 미쳐서, 계열 간에 보상수준의 불균형을 초래하였다. 즉, 외과계열의 보상수준은 낮고, 내과계열의 보상수준은 상대적으로 높았다. 보상수준의 불균형을 해소하기 위해서는 정확한 원가정보를 밑바탕에 둔 수가체계의 확립이 시급하다. 최근에 강조되고 있는 ‘패널병원’ 제도로부터 이에 대한 해결의 실마리를 찾을 수 있을 것이다.