본 연구는 직업재활시설의 중증장애인 직업재활지원사업에 대한 효율성을 평가하여 효율적인 운영방안을 제시하는데 목적이 있다. 본 연구를 위해 2010년 중증장애인 직업재활지원사업 수행시설 78개소(직업훈련시설 8개소, 작업활동시설 29개소, 보호작업장 41개소)에 대한 평가결과자료를 활용하였다. 연구방법은 시설의 효율성을 상대적으로 비교평가하기 위해 자료포락분석(DEA: Data Envelopment Analysis) 기법을 활용하여 재분석하였다. 효율성 평가를 위한 투입요인으로는 지원사업 종사자 수, 지원사업 지원금액, 사례관리체계 과정을 설정하였고, 산출요인은 사업의 효과성으로 평가할 수 있는 취업장애인 수, 취업확정장애인 수와 이용자 만족도를 적용하였다. 연구결과 투입요소는 3가지 유형의 시설이 비슷한 반면, 산출요소 중 취업장애인 실적과 취업확정장애인수는 보호작업시설이 다른 시설에 비해 높은 수준을 나타냈다. 순수기술효율성 수준은 보호작업시설이 가장 효율성이 높은 수준이었다. 주요한 시사점은 작업활동시설과 직업훈련시설은 투입요소를 증가하더라도 규모수익이 감소 상태에 있었으며, 보호작업시설은 투입요소를 증가하면, 산출요소도 비례적으로 증가하는 규모수익불변 상태였다. 따라서, 보호작업시설이 다른 유형의 시설보다 효율적이라 할 수 있다.