지방의료원의 효율적 운영에 대한 관심이 높아짐에 따라 조직의 효율성을 상대적으로 비교·분석 할 수 있는 자료포락분석(data envelopment analysis) 기법을 이용한 연구가 활발해지고 있다. 하지만, 대부분의 그러한 연구는 지방의료원의 환경적 상황을 고려하지 않은 채, 측정된 효율지수 자체만을 평가하는 경향이 있다. 무엇보다도, 의료시장에서의 경쟁이 의료기관의 효율성을 높이는 대책으로 논의되는 상황에서 아직까지 시장경쟁이 의료원의 효율성에 미치는 영향에 관한 근거 있는 결론이 제시되지 않고 있다. 본 연구는 2단계 추정 기법을 활용하였는 데 우선 2005년부터 2009년까지 5년간 34개 지방 의료원의 효율성을 자료포락분석기법을 이용해 측정한 후, 효율성에 영향을 미치는 환경요인들과의 관계를 토빗모형으로 분석했다. 효율성 분석결과, 다수의 지방의료원들이 투입 대비 산출이 효율적이지 않았다. 개별 항목별 효율성 평가 결과, 종합병원규모의 지방의료원, 농어촌 지역 지방의료원, 그리고 정부직영 지방의료원이 일반병원규모의 지방의료원, 도시지역 지방의료원, 그리고 민간위탁 지방의료원보다 효율성이 높은 것으로 분석되었다. 2단계 토빗모형 분석결과, 첫째, 민간위탁의 운영형태가 지방의료원 효율성에 부정적 영향을 미치는 것으로 분석 되었다. 둘째, 지역 내 지방의료원의 시장점유율이 높을수록 효율성이 높은 것으로 분석되었다. 셋째, 공공진료 실적이 많을수록 효율성에 긍정적 영향을 주는 것으로 나타났다.